درسال ۱۹۹۳ و همزمان با پیدایش ویندوز NT ،خبرها حاکی از پیدایش فایل سیستم
جدیدی به نام NTFS بود که از آن زمان به بعد تا عرضه شدن ویندوز ۲۰۰۰ و حتی
XP هم این فایل سیستم جدید قدرت خود را کماکان در تمام سیستم عامل ها و
نسخه های مختلف ویندوز حفظ کرد. حتی ابزار های جدیدی هم به بازار آمد تا
امکان خواندن درایوهای فرمت شده به NTFS را برای ویندوزهای قدیمی مسیر کند.
مثلا” یکی از بهترین ابزارهای مذکور که Ntfsdos نام دارد می تواند امکان
دسترسی به درایوهای NTFS را برای مواقعی که سیستم از روی یک دیسک سیستم داس
بوت شده فراهم کند. فایل سیستم NTFS به محض ظهور نشانه های کاملا” آشکاری
را از بروز تغییرات و بهبودهای قابل توجه در خود به همراه داشت. از جمله
مهمترین این تغییرات بهینه شدن استفاده از فضای هارددیسک با کلاسترهای ۵۱۲
بایتی افزایش ظرفیت قابل پیشتیبانی هارد دیسک توسط فایل سیستم تا حد چند صد
ترابایت (میلیون مگابایت )در دو پارتیشن،وجود امکانات تصحیح خطا برای
جلوگیری از بروز رخدادهایی که در فایل سیستم های قدیمی تر منجر به Crash
شدن سیستم می شد،بود. همچنین امکان حفاظت از اطلاعات در برابر دسترسی افراد
غیر مجاز و در واقع ایجاد نوعی امنیت اطلاعاتی برای هر کاربر،وجود
الگوریتم ها و قابلیت های ویژه فشرده کردن یا رمز گذاری اطلاعات
(encryption ) از جمله دیگر نقاط قوت NTFS بود. اما با وجود تمام این نکات
،فایل سیستم NTFS هنوز دارای نقاط ضعف متعددی است. یکی از این نقاط،مربوط
به نگهداری اطلاعات مربوط به درایوهای هارددیسک در رجیستری ویندوز است. این
مساله باعث پیچیده شدن ساختار فایل سیستم و غیر قابل خواندن شدن درایوهای
NTFS توسط سیستم عامل های دیگر می شود. در ویندوز ۲۰۰۰ این مساله به شکلی
حل شده است. اولا” با ارایه یک سیستم جدید به نام مدیریت منطقی دیسک
(Logical Disk Manager ) محدودیت سقف ۲۶ پارتیشن برای یک هارد دیسک که در
ویندوز NT وجود داشت رفع شده است و ثانیا” اطلاعات مربوط به درایوها به جای
رجیستری در محل مشخصی از هارد دیسک ذخیره شده که توسط سایر سیستم عامل ها
قابل دسترسی است . در ویندوز XP باز هم NTFS بهبودهای محسوسی یافت به طوری
که محدودیت ۵۱۲ بایتی برای هر کلاستر حذف شده و به شما اجازه تعریف و تعیین
اندازه هر کلاستر داده می شود. به علاوه این که توابع مدیریت فایل ها و
فولدرها و کلا” توابع دسترسی به اطلاعات دیسک تا حدودی در نسخه XP مورد
بازبینی و ارتقاء قرار گرفته است. برخلاف FAT16 و FAT32 که در آن ها جدول
حاوی آدرس کلاسترهای شروع و پایان فایل ها در اولین تراک دیسک ذخیره می
شود،در NTFS سیستمی به نام MFT (Master File Table ) که مدیریت فایل ها را
انجام می دهد،اطلاعات مربوط به فایل های یک دیسک را به جای نوشتن در تراک
صفر،در چند فایل مخفی نگهداری می کند. این روش یعنی نگهداری اطلاعات فایل
ها در یک یا چند فایل دیگر که در بسیاری از نرم افزارها به Meta File یا
Meta Data File مشهور است،در NTFS به شکل بسیار جالب و در قالب ساختار یک
بانک اطلاعاتی رابطه ای نگهداری می شود.در یکی از جداول این بانک اطلاعاتی
،ردیف ها را همان فایل ها (مثل مخفی بودن،کد شده بودن ،فشرده و یا سیستمی
بودن)تشکیل می دهند. در محل دیگر این بانک محل قرار گرفتن و آدرس کلاسترهای
تشکیل دهنده یک فایل و فولدر به صورت یک درخت متوازن (B-Tree ) است که
باعث افزایش سرعت دسترسی به فایل ها با استفاده از قابلیت های الگوریتم
جستجوی دو دویی در درخت توازن می شود.