در رجیستری، به صورت از پیش تعریف شده، پنج کلید ریشه وجود دارد. نام کلیدهای ریشه با کلمهٔ HKEY شروع می‌شود که خلاصهٔ عبارت «Handle to a KEY» است. هر ریشه، یک مجموعهٔ تودرتو (Nested) از کلیدها را در خود جای می‌دهد. ضمناً تعداد ریشه‌ها، ثابت است؛ بدین معنا که نه می‌توان ریشهٔ جدیدی ایجاد کرد و نه ریشهٔ موجودی را حذف کرد.
رجیستری از دو فایل با نامهای USER.DAT و SYSTEM.DAT تشکیل شده است. البته اگر شما عضو یک شبکه هستید، فایل دیگری تحت عنوان CONFIG.POL نیز وجود دارد. همه این ۳ فایل، از نوع Hidden, System, ReadOnly هستند و در شاخه اصلی ویندوز قرار دارند.
