سیستم پرونده (به انگلیسی: File system) روشی برای ذخیره و سازمان‌دهی پرونده‌های رایانه‌ای و داده‌هایشان است تا یافتن و دسترسی به آن‌ها را آسان کند.
سیستم‌های پرونده می‌توانند از یک وسیلهٔ ذخیرهٔ اطلاعات مانند دیسک سخت یا سی‌دی‌رام استفاده کنند و مکان فیزیکی پرونده‌ها را نگهداری کنند و می‌توانند دسترسی به داده‌های یک پروندهٔ خادم (سرور) را با رفتار به عنوان مشتری (کلاینت) برای یک پروتکل شبکه (مانند: کلاینت‌های NFS ،SMB یا ۹P) فراهم کنند یا ممکن است مجازی باشند و تنها به عنوان روشی برای دسترسی به داده‌های مجازی (مانند: procfs) وجود داشته باشند. این با خدمات دایرکتوری و رجیستری متفاوت است. در شکل رسمی‌تر، یک سیستم پرونده یک پایگاه‌داده تک‌منظوره برای ذخیره، سازمان‌دهی، دستکاری و بازیابی داده‌ها است.
