به علاوه لینوکس حتی به عنوان سیستم عامل کاربر نیز دارای مزایای ذیل است :

۱٫  لینوکس مشکل ویروسی شدن ندارد. نه اینکه ویروسی برای لینوکس ساخته نشده باشد بلکه این به دلیل ایمنی بالای آن است و مانند ویندوز نیست که پس از نصب آن ضروری باشد یک Antivirus یا Internet Security روی سیستم نصب شود. محیط ویندوز به مراتب مستعد تر برای دریافت و رشد ویروس است
۲٫   در ویندوز به دلیل نصب نرم افزار ها و پاک کردن آن ها و همچنین تغییر و تحولات این چنینی سیستم از چیدمان خارج می شود برای همین است که سیستم دارای Disk Defragmenter است که بتواند به چیدمان از هم پاشیده سر و سامانی دهد تا سرعت دسترسی به مطالب افزایش یابد ، اما در لینوکس یک سیستم خود چیدمانی تعبیه شده است که داده ها را روی دیسک می نویسد و سرعت فراخوانی اطلاعات به مراتب بیشتر خواهد بود.
۳٫  در لینوکس هسته سیستم Kernel Linux است و عملکرد جداگانه از محیط گرافیکی و نرم افزارها دارد در نتیجه هنگ کردن یک برنامه (Crashing) باعث هنگ کردن کل سیستم نمی شود در حالیکه در ویندوز به دلیل برخوردار بودن از سیستم یکپارچگی ، هنگ یک عامل مانند Internet Explorer ممکن است شما را حتی وادار به Restart کند. اما در لینوکس فقط کافیست همان برنامه ای که هنگ کرده Restart شود. این قابلیت در لینوکس تعبیه شده است.
۴٫  هر بار که ویندوز جدید نصب می کنید لازم است کلی نرم افزارهای مورد نیاز خود را نصب کنید و همچنین همه سخت افزار های موجود در کامپیوتر خود را از طریق Driver به ویندوز معرفی کنید در حالیکه لینوکس در خود قابلیتی دارد که تمامی سخت افزار ها را می شناسد و نیازی به Driver نیست. همچنین در لینوکس به صورت پیش فرض نرم افزارهای بسیار پیشرفته ای موجود است که در ویندوز چنین نیست. مثلاً در ویندوز به صورت پیش فرض برای تایپ کردن ، Notepad را در اختیار شما قرار داده است. آیا این نرم افزار برای رفع نیازی های Type کافیست؟ مثلاً شما برای باز کردن فایل های PDF در ویندوز نیاز به نصب نرم افزار Adobe Acrobat Reader دارید در حالیکه در لینوکس بدون نیاز به هیچ نرم افزاری می توانید اسناد PDF را به راحتی باز کنید. از هم اینها مهمتر این که لینوکس مانند ویندوز نیازی به نصب کردن ندارد.
۵٫  لینوکس قابلیت خواندن بیش از ۱۰۰ نوع از سیستم فایل ها را دارد در حالیکه ویندوز دو یا سه فایل سیستم آن هم از سیستم فایل های خودش را می خواند.
۶٫  ویندوز فقط می تواند در پارتیشنی که Primary است نصب شود اما لینوکس در پارتیشن های Logical نیز نصب می شود.
۷٫  لینوکس را می توان بر روی یک تلفن همراه تا یک ابر کامپیوتر نصب نمود. لینوکس در راه اندازی برنامه های حساس یک هواپیما نیز کاربرد دارد.
۸٫    Bug های لینوکس به مراتب کمتر از ویندوز است و دلیل پایداری آن نیز همین است در حالیکه عمر مفید یک ویندوز حداکثر چهار پنج ماه است.
۹٫    سیستم عامل لینوکس رایگان است اما سیستم عامل ویندوز نه تنها رایگان نیست بلکه گران است.
۱۰٫   لینوکس را هم می توان از درون CD بوت کرد و هم می تواند بر روی Hard نصب نمود اما ویندوز لزوماً نیاز به نصب دارد.
۱۱٫   لینوکس در درون خود مجازی سازی یا Built in دارد که به شما اجازه می دهد همزمان سیستم عامل های دیگری نیز داشته باشید.
۱۲٫ در محیط لینوکس به شما بی شمار انتخاب گرفیکی تعلق می گیرد در حالیکه در ویندوز تنها با یک محیط گرافیکی روبرو هستید. به عبارت دیگر در لینوکس واسط های گرافیکی بی شمار هستند.
۱۳٫  در ویندوز شما Internet Explorer دارید اما در لینوکس Mozilla FireFox عمل Web Browsing را با سرعت ۱۰ برابر انجام می دهد. همچنین شما می توانید از ۱۰۱ عملکرد این برنامه نسبت به Internet Explorer برخوردار شوید.
۱۴٫   Pidgin و Kopete دو نرم افزار محبوب Chat در لینوکس هستند که به صورت رایگان در آن قرار دارند با همه Protocol ها سازگاری دارند.
۱۵٫   برای راه اندازی Media Center در لینوکس نیازی به نرم افزار نیست اما در ویندوز شما ملزم به نصب نرم افزارهای خاص دارید.
۱۶٫ محیط Desktop لینوکس سه بعدی است که کاربران در آن راحت تر می توانند کار کنند.
۱۷٫ متنی که در لینوکس Copy می کنید تا ساعت ها می توانید از آن در جاهای دیگر استفاده کنید. این کار توسط نرم افزار خاصی که به طور پیش فرض در Desktop شما قرار دارد میسر است.
۱۸٫  در لینوکس قابلیتی وجود دارد که با یک تصویر نمادین کوچک به شما حجم هر فایل نشان داده می شود تا متوجه بشوید چقدر از فضای شما را اشغال کرده است.
۱۹٫    لینوکس های Server در خود My SQL و PostgreSQL که از ابزارهای قوی مدیریت داده ها هستند نصب دارد.
۲۰٫    لینوکس از تکنولوژی Cluster بندی استفاده می کند و قابلیت محاسبات فوق پیشرفته و سنگین را دارد برای همین است که در ابر کامپیوتر ها از لینوکس به جای ویندوز استفاده می شود.
۲۱٫    فایل سیستم NTFS در ویندوز حداکثر تا ۱۶ TeraByte را پشتیبانی می کند در حالیکه لینوکس با فایل سیستم XFS تا یک میلیون TeraByte را Support می کند و همین است که باعث بالا بودن سرعت در لینوکس می شود. همچنین لینکس می تواند تا ۱۰۲۴ پردازنده در یک کامپیوتر را پشتیبانی کند که ویندوز از آن ناتوان است.