فایل های باینری هم نوعی فایل مسطح هستند که در حالت دودوئی ذخیره می شوند. در حالت باینری هر فایل یک فرمت بایت به بایت دارد که باعث می شود فایل در ادیتور اسکی خوانا نباشد و کاراکترهای عجیبی نشان داده شود.
تابع write برای نوشتن داده در فایل باینری استفاده می شود. تابع دارای دو پارامتر است. اولی آدرس جائی که داده باید نوشته شود و دومی تعداد بایت های داده است که نوشته می شود. تابع read برای خواندن از فایل باینری است.