ساختار رجیستری، شباهت زیادی به ساختارِ منطقیِ یک دیسک دارد؛ رجیستری، شامل چندین کلید (Key) است که مفهوم آنها مشابه دایرکتوری در دیسک بوده و هر کلید هم، شامل چندین مقدار (Value) است که مثل فایلهایی درون دایرکتوریها قرار دارند. مقادیر که در واقع خانه‌هایی برای نگهداری داده‌ها هستند، از سه مؤلفه تشکیل می‌شوند: نام، نوع و داده.
هر کلید می‌تواند شامل تعدادی کلید دیگر هم باشد که در این صورت به آنها زیر-کلید (Sub-key) گفته می‌شود. زیر-کلیدها هم به نوبهٔ خود می‌توانند شامل زیر-کلیدهای دیگری باشد و الخ. کلیدهایی که در بالاترین سطح قرار دارند، ریشه (Root) خوانده می‌شوند. بنابراین، بجز ریشه‌ها، تمام کلیدهای دیگر را می‌توان زیر-کلید به حساب آورد.
همانطور که از تصویر فوق پیداست، هر زیر-کلید دارای یک مقدار بنام (Default) است که به صورت پیش‌فرض، داده‌ای درون آن قرار ندارد (value not set). ساختار سلسله مراتبی رجیستری، شباهت فراوانی به ساختار «درخت» دارد. در ادبیات علم رایانه، منظور از درخت، نوعی ساختار دادهٔ پویا (دینامیک) است که شرح و وصف آن در مبحث «ساختمان داده‌ها» ذکر می‌شود. در اینجا به ذکر همین نکته بسنده می‌کنیم که رجیستری شامل چندین درخت است که گره‌های آنها حاوی کلید و برگهای آنها حامل مقدار هستند. گفتنی است ساختار اولیهٔ رجیستری که به صورت یک پیش‌الگو (Prototype) تدوین شده و شامل یک سِری تنظیمات اولیه و پیش‌فرض است، همراه با خودِ ویندوز و در خلالِ عملیاتِ نصبِ سیستم‌عامل، بر روی دیسک‌سخت کپی می‌شود.
