منظور از امضا مجموعه قواعدی است که یک حمله در حال انجام را تشخیص می دهد. دستگاهی که قرار است نفوذ را تشخیص دهد با مجموعه ای از قواعد بارگذاری می شود.هر امضا دارای اطلاعاتی است که نشان می دهد در داده های در حال عبور باید به دنبال چه فعالیتهایی گشت. هرگاه ترافیک در حال عبور با الگوی موجود در امضا تطبیق کند، پیغام اخطار تولید می شود و مدیر شبکه را از وقوع یک نفوذ آگاه می کند. در بسیاری از موارد IDS علاوه بر آگاه کردن مدیر شبکه، اتصال با هکر را بازآغازی می کند و یا با کمک یک فایروال و انجام عملیات کنترل دسترسی با نفوذ بیشتر مقابله می کند.