اگر در کنسول Active Directory Site and Services دقت کنید، site link ها درون پوشه ای به نام IP بوده که خود آن درون پوشه Inter-Site Transports قرار دارد. Replication تغییرات بین DC ها توسط دو پروتکل انجام می گیرد:

– Directory Service Remote Procedure Call (DS-RPC) این پروتکل درکنسول Active Directory Site and Services بصورت همان پوشه IP ظاهر می شود. پوشه IP برای همه intrasite replication استفاده شده و پروتکل پیشفرض ، برای intersite replication است.

– Inter-Site Messaging—Simple Mail Transport Protocol (ISM-SMTP) این پروتکل فقط هنگامی استفاده می شود که ارتباط بین site ها قابل اعتماد نبوده و یا همیشه در دسترس نیستند. اگر دو site بخواهند فقط با SMTP عمل replication را انجام دهند، بایستی دو site در دو دامین جدا در یک forest باشند. SMTP نمی تواند برای replicate محتوای پارتیشن ها (NC) استفاده شود.