لینوکس نیز ذاتا امن تر از ویندوز است . چه بر روی سرور، دسکتاپ و یا در یک محیط تعبیه شده باشد .و این بدین دلیل می باشد که لینوکس در واقعیت بر اساس یونیکس ساخته شده است و از ابتدا برای چند سیستم عامل کاربر طراحی شده است . فقط مدیر یا کاربر ریشه، دارای اختیارات مدیریتی، و کمتر به کاربران و برنامه های کاربردی اجازه دسترسی به هسته یا کرنال داده می شود و این خود باعث می شود همه چیز مدولار و حفاظت شده باشد
البته، لینوکس  کمتر توسط ویروس ها و هکرها مورد حمله قرار می گیرد و آسیب پذیری در لینوکس زودتر و سریعتر یافت و تصحیح می گردد حتی اشکال شش ساله هسته که به تازگی ثابت شده بود، به عنوان مثال  یک نمونه بسیار نادر در جهان لینوکس بهره برداری نشده بود
گاهی اوقات کاربران سیستم ویندوز می توانید فایل هایی از مدیر سیستم پنهان کنند اما در لینوکس مدیر سیستم همیشه دارای دید واضح و روشنی از فایل سیستم  و همیشه در کنترل است.