فایل سیستم در یک سیستم عامل به ساختارکلی نامگذاری , ذخیره سازی و سازمان دهی فایل ها گفته میشود.هر فایل سیستم از فایل ها , دایرکتوری ها یا فلدرها ,و اطلاعات لازم برای پیدا کردن و دستیابی به فایل ها تشکیل می شود.این واژه همچنین به قسمتی از یک سیستم عامل اطلاق میشود که در خواست های یک برنامه کاربردی را برای انجام عملیات بر روی فایل ها به کارهای سطح پایین و سکتورگرایی تبدیل میکند که راه اندازهای کنترل کننده دیسک گرداننده ها قادر به تشخیص آنها می باشند
انواع فایل سیستم رایج عبارتند از
FAT(FAT 16)
FAT32
NTFS
