در یک سیستم عامل به ساختار کلی نامگذاری ، ذخیره سازی و سازماندهی فایل ها گفته می شود . سیستم فایل ها ، داده ها را به واحدهایی به نام Cluster تقسیم بندی می کنند . هر کلاستر می تواند فقط بخشی از یک فایل را نگه دارد .
یک فایل ممکن است چندین کلاستر را به خود اختصاص دهد ،و مقداری فضای خالی در آخرین کلاستر بلا استفاده باقی بماند . کلاستر های کوچک می توانند داده های بیشتری در یک دیسک جای بدهند ( چون فضای بلا استفاده کمتری به وجود می آورند ) اما کلاستر های بزرگ ، کارایی را بالا می برند ( در کلاسترهای بزرگتر ، داده های بیشتری می تواند در هر کلاستر نگهداری شود . بدین معنی که برای بازیابی آن ، سیستم کار کمتری انجام می دهد و در نتیجه به طور کارآمدتر و سریعتر آن را بازیابی می کند ) اندازه کلاستر در اندازه دیسک سختی که کامپیوتر می تواند پشتیبانی کند نیز نقش دارد.
Fat مخفف File Allocatin Table ، جدول تخصیص فضا به فایل . این جدول که در نزدیکیهای ابتدای دیسک سخت ذخیره می شود ، توسط سیستم عامل نگهداری می شود تا فضای مورد استفاده برای ذخیره سازی فایل ها را مدیریت کند . این جدول وظیفه نگهداری فضاهای موجود در دیسک را بر عهده دارد تا سگمنت های خراب غیر قابل استفاده ، علامت گذاری شوند و قسمت های مختلف یک فایل با یکدیگر مرتبط شوند . در واقع هنگام ذخیره داده ها روی دیسک سخت ، سیستم جهت دستیابی به کلاسترهای خالی با Fat مشورت کرده و هم در هنگام اجرا فایل ، Fat را جستجو می کند تا کلاسترهای مرتبط با آن را یافته و اطلاعات ذخیره شده در آن کلاسترها را بخواند . دو نوع Fat اصلی وجود دارد : Fat 16 , Fat32
Fat 16 : این سیستم فایل ، یک سیستم فایل ۱۶ بیتی است ، زیرا کلاستر هایی را تشخیص می دهد که ۱۶ بیت طول ( یا رقم ) دارند . اندازه کلاسترهای Fat بسته به مقدار فضا درایوی است و از آنجا که Fat16 نمی تواند به اندازه Fat32 کلاستر داشته باشد ، برای پوشش دادن به مقدار یکسانی از فضا به کلاسترهای بزرگتری نیاز دارد . Windows XP کلاسترهای ۶۴ کیلو بایتی را برای Fat16 پشنیبانی می کند. چون Fat16 فقط ۶۵,۵۳۶ کلاستر را پشتیبانی می کند ، با این سیستم فایل ، حداکثر یک پارتیشن ۴ گیگابایتی را می توان تقسیم بندی کرد.
Fat32 : یک سیستم فایل ۳۲ بیتی است ، می تواند کلاسترهای بیشتری را نسبت به Fat16 آدرس دهی کند . در نتیجه Fat32 می تواند از کلاسترهای کوچکتری برای کارآمدتر کردن سیستم ذخیره سازی ، بهره بگیرد . همچنین بدین مفهوم است که Fat32 می تواند پارتیشنهای بزرگتری را پشتیبانی کند . Fat32 با کلاسترهای ۳۲ بیتی می تواند پارتیشنهایی تا ۸ ترا بایت را پشتیبانی کند.
NTFS مخفف NT File System می باشد . در سیستم فایل fat ، جدول تخصیص فضا ( File Allocation Table ) داشتیم و در اینجا جدول فایل اصلی ( MFT: Master File Table ) داریم . البته MFT بسیار پیچیده تر است . MFT صفات فایل را برای هر فایل ذخیره شده در پارتیشن NTFS ذخیره می کند . ( صفات فایل هر چیزی را که لازم است درباره یک فایل دانست ، توصیف می کند . در NTFS حتی داده های موجود در یک فایل نیز صفت فایل محسوب می شود . اسم ، مکان ، و اطلاعات امنیتی نیز ، از دیگر صفات فایل محسوب می شود )
NTFS در صورت امکان همه صفات فایل را ، شامل داده های فایل ، در MFT ذخیره می کند . ( هر چند در اکثر موارد ، جای کافی برای ذخیره همه صفات در MFT وجود ندارد . در این زمان صفت داده ای به خارج MFT انتقال می یابد . )
MFT بعنوان یک فایل Metadata مشهور است . ( Metadata اساسا داده هایی درباره خود Data است . بعنوان مثال عنوان ، موضوع ، مولف و اندازه یک فایل ، Metadata آن فایل را تشکیل می دهند ) NTFS از فایلهای Metadata برای مدیریت داده های روی پارتیشن بهره می گیرد.