اگرچه تنظیمات Virtual Directory با Web Application شباهت دارند، ولی کاربرد آنها متفاوت است. Web application ها عموما برای پشتیبانی از web code های اجرایی، مانند برنامه هایی که با ASP.NET نوشته شده اند، طراحی شده اند. همچنین آنها در پوشه خود وبسایت قرار دارند.
Virtual Directory ها به محتوای ایستایی (static content) اشاره داشته که در جایی از سرور (غیر از خود پوشه وبسایت) قرار دارند. هر دوی Virtual Directory و Web Application، قسمتی از URL هستند که به بخشی از محتوای وبسایت دسترسی دارند. نحوه انتخاب آنها در پیاده سازی وبسایتتان، بسته به نوع کار شماست.
